Stenene er skelettet i den japanske have. Gennem forskellige typer af stenopsætninger (ishigumi) gengiver haven vandfald og bjerge, og selve hjertet i mange haver er netop måden stenene er sat på. Den mest grundlæggende af alle opsætninger er sanzon-seki (三尊石): tre sten i forskellig størrelse rejst sammen, med en stor sten i midten og to mindre ved siderne.
Navnet kommer fra sanzon-butsu – den buddhistiske treenighed man kender fra tempelstatuer. Her står en Buddha i midten flankeret af to ledsagende bosatsu, og stenopsætningen gentager det billede: midterstenen svarer til Buddha, sidestenene til hans følgesvende.
I Sakuteiki, Japans ældste havebog, bruges udsagnsordet tateru – at rejse – om det at sætte sten. Efter Sakuteiki skal man først rejse midterstenen og derefter sætte de øvrige “efter dens anvisning”. Det afspejler en gammel forestilling om at sten er besjælede – at der bor en levende ånd i dem – og den tanke fulgte med ind i havekunsten.
Et gammelt eksempel findes på øen i haven ved Saihō-ji, mostemplet i Kyoto. Her står midterstenen forholdsvis lavt. I senere perioder blev det mere almindeligt at lade midterstenen rejse sig markant højere end de to sidesten.